Джон Мюррей родился в 1786 году в Странраре, Шотландия, в семье Грейс и Джеймса Мюррей. Его отец был капитаном корабля, и с раннего возраста Джон проявлял большой интерес к науке. Хотя в конечном итоге он стал магистром гуманитарных наук и получил степень доктора философии, многие современники, которые знали его, говорили, что «он был буквальным самоучкой» и поэтому отличным примером для молодых людей, оказавшихся в неблагоприятных обстоятельствах. 

В 1815 году, в возрасте 29 лет, он опубликовал свою первую работу «Элементы химической науки» (The Elements of Chemical Science). После этого на протяжении многих лет он был известен во всей Англии благодаря своим лекциям по химии (которые обычно включали демонстрации экспериментов). Один из выдающихся современных дворян описал Мюррея как «одного из лучших преподавателей в мире».

С ростом промышленности он развил впечатляющую широту знаний во многих предметных областях как науки, так и литературы, хотя его наибольший вклад был связан с химией и добычей полезных ископаемых. Больше всего открытий он сделал в четырех принципиально различных областях: лечение туберкулеза, успешный рост новозеландского льна в Шотландии, лампа безопасности в шахте и плавка алмаза. Он также автор почти 20 изобретений, которые стали применять на практике. 

Знания и опыт позволили ему стать членом Лондонского Линнеевского общества в 1819 году (названо в честь Карла фон Линнея), Королевского общества древностей в 1822 году, Лондонского геологического общества в 1823 году (он был членом до самой смерти), Лондонского садоводческого общества в 1824 году, а в 1837 году Мюррей стал ежегодным членом Британской ассоциации содействия развитию науки. Он также был членом многих региональных научных обществ. 

Вероятно, величайшая похвала, которую Джон Мюррей получил за свою научную работу, была представлена более 100 личными отзывами выдающихся ученых, мирян и духовенства в поддержку его (в конечном счете неудачной) номинации в 1831 году на должность заведующего кафедрой химии в Королевском колледже в Лондоне.

Помимо чтения лекций и проведения практических исследований, он много путешествовал, самостоятельно проводя геологические и археологические полевые работы. Кроме того, Мюррей был плодотворным писателем: он издал 28 книг и по меньшей мере 60 статей в научных журналах. Его журнальные статьи и книги касались химии, физики, медицины, геологии, естественной истории и промышленности. Он также написал памфлет, призывающий к отмене рабства в колониях, книгу минорных стихотворений и научную/историческую статью о своем трехмесячном путешествии по Швейцарии в 1825 году.

Наиболее важными для меня были две его книги, непосредственно связанные с геологией и Библией. «Истина Откровения» (The Truth of Revelation) была опубликована в 1831 году с пересмотренным и расширенным вторым изданием, появившимся в 1840 году. В этой книге Мюррей пытался продемонстрировать истину и вдохновение в Библии, обратившись к существующим памятникам, скульптурам, драгоценным камням, монетам и медалям древних народов Ближнего Востока и других мест. Его «Портрет Геологии» (Portrait of Geology) появился в 1838 году. Эта книга была написана, чтобы представить геологические доказательства Божьего дизайна и защитить истину Писания перед вызовами геологических теорий про старую землю.

Джон Мюррей продемонстрировал знание трудов ведущих британских и европейских геологов. По его словам, «тщательное изучение геологических явлений и наблюдение за фактами, вытекающими из изучения геологии на протяжении многих лет», привело его во многие места по всей Великобритании и Европе. 

Помимо сбора собственных образцов породы и ископаемых, он лично изучал частные и музейные коллекции окаменелостей как в Англии, так и во Франции. В ряде случаев он исследовал потухшие и активные вулканы, даже несмотря на риск удушья. Мюррей также обладал более чем поверхностным знанием конхологии (изучение раковин животных), столь важной для идентификации и соотношения горных пород. 

Он много читал, при том на разных языках: латыни, итальянском, французском, немецком, иврите, и был знаком с трудами ведущих филологов, врачей, философов, исследователей, путешественников, собирателей древностей, библеистов восемнадцатого и девятнадцатого веков.

Хотя Мюррей много путешествовал, Халл стал его основным местом жительства примерно с 1824 года по 1850 год, когда он вернулся в Странрар. Вскоре после того, как он поселился там вместе с любящей женой, тяжелая болезнь превратила его в беспомощного инвалида. Он умер 18 июня 1851 года. 

Государственные чиновники Странрара присутствовали на похоронах, магазины во всем городе были закрыты, звенели церковные колокола и собралось огромное количество людей. Джон был королевским членом церкви Шотландии и ревностным кальвинистом. Местная газета писала о нем так: 

«Его доброжелательному сердцу были чужды фанатизм и сектантство. Он любил всех, кто любил Господа Иисуса Христа. В часы болезни и смерти он проявил тот же кроткий, терпеливый и любезный дух, который характеризовал его поведение в жизни». 

Он был поистине одним из великих ученых своего времени, у которого было все основание считать, что книга Бытие и горные породы подтверждают недавнее сотворение мира за шесть дней и Всемирный потоп, изменивший всю Землю.