Генетика

Найти Адама в геноме (5): 2 часть ответа на 2 главу (и 4 главу) книги «Адам и геном»

Эта серия статей медленно и тщательно рассматривает научные утверждения из книги «Адам и геном».1 В предыдущих статьях мы рассмотрели утверждения из первой главы и начали анализ второй главы. Последняя глава явным образом касалась генетики и, естественно, привела к обсуждению четвертой главы. В этом посте мы продолжаем рассматривать конкретные научные утверждения второй главы.

На протяжении всей этой серии наш подход определялся практикой теистических эволюционистов. Они не читают нашу техническую литературу, поэтому в первых статьях этой серии мы переиздали краткое изложение этой литературы. Теистические эволюционисты также считают нас лжецами. Поэтому они игнорируют креационистские гипотезы с самого начала своих исследований. Следовательно, когда эволюционисты выдвигают научные утверждения, они эффективно приспосабливают факты к выводам. В нашей серии мы обнаружили многочисленную поддержку этого решительного утверждения. В этой статье мы продолжим исследовать, правда ли это.

Неадекватная аналогия языка и эволюции

В нашей предыдущей статье мы начали анализировать аналогии, используемые автором, Деннисом Венема. Вся вторая глава в значительной степени опирается на аналогию между процессом изменения языка и процессом эволюционного изменения видов. Мы заметили, что аналогия Венема наталкивается на непреодолимое препятствие. Хотя языковые аналогии могут объяснить некоторый уровень биологических изменений, они не могут помочь эволюции преодолеть ее неспособность объяснить происхождение биологических систем с множественными, взаимозависимыми частями (неприводимо сложными системами, согласно терминологии Майкла Бихи).

К его чести, Венема признает, что его аналогия имеет ограничения (но не пределы, которые мы определили с помощью глубокого анализа Бихи). Венема утверждает:

«Каждая аналогия имеет свои слабые стороны. В языке каждое слово имеет значение, и слова, как правило, относительно короткие. Напротив, гены — наши генетические эквиваленты слов — могут быть сотнями, тысячами или даже десятками тысяч букв ДНК».2

На данный момент вывод Венема является правильным. Но потом он делает другое заявление:

«Еще одно удивительное отличие состоит в том, что в геномах животных много букв ДНК, которые, по-видимому, не имеют определенной функции, они на самом деле не кажутся «словами», а скорее просто наполнителем. Если есть функция, связанная с ними, кажется, что почти любая строка будет с одинаковым набором генетических букв».3

Венема не дает дальнейшего объяснения этому утверждению. Мы скоро увидим, с каким вызовом он сталкивается, делая такое заявление.

Венема также утверждает — без малейшего научного обоснования — что «языки меняются гораздо быстрее, чем геномы».4 Это утверждение противоречит последним генетическим данным.5

Тем не менее, несмотря на собственное признание Венема ограничений, он считает, что параллели между изменением языка и биологическими изменениями заставляют сделать очень конкретный вывод. В частности, Венема считает, что мы можем проследить общих предков между видами так же, как мы можем проследить общих предков между языками. Другими словами, Венема считает, что модель генетических различий является убедительным доказательством в поддержку эволюции.

Во второй главе Венема рассматривает несколько моделей и приводит примеры для каждой из них. В этой статье мы рассмотрим только одну модель, а остальные рассмотрим в последующих публикациях.

Эволюционная гипотеза функциональной избыточности

Первый тип эволюционной модели вращается вокруг концепции избыточности. Опираясь на свою аналогию с языками, Венема (правильно) определяет, что многие слова могут иметь альтернативное написание, но все же несут тот же смысл. Возможно, наиболее знакомым примером этого является альтернативное британское и американское написание английских слов. Точно так же Венема утверждает, что генетические «слова» — гены — также могут быть написаны (с помощью химических букв) различными способами, все без изменения функции этих генов. Другими словами, Венема говорит, что оба языка и генетические коды содержат уровень избыточности.

Применяя эти принципы к вопросу о происхождении, Венема спрашивает, соответствуют ли генетические модели среди избыточных генетических последовательностей гипотезе творения. В конце концов, если у Творца было много вариантов выбора при создании генов у первых биологических предков, зачем придерживаться только одного типа написания генов? Почему бы не использовать разнообразие написания, просто ради разнообразия? В качестве альтернативы, почему бы не использовать один и тот же дизайн в каждом существе? Если одна функция работает, почему бы не использовать ее снова и снова?

Венема делает свои вопросы очень специфичными с определенным типом гена — ген инсулина. Он утверждает, что этот ген имеет одинаковое значение у разных видов — что он выполняет одну и ту же функцию, а именно, регулирует уровень глюкозы. Для подмножества химических букв в гене инсулина Венема затем вычисляет количество возможных способов, которыми буквы могут быть расположены, все еще сообщая тот же биологический смысл. Из-за генетической избыточности Венема вычисляет, что количество возможных способов может быть более 530 000. Он думает, что с точки зрения дизайна, у Создателя этого гена инсулина было огромное количество вариантов, когда Он создавал его в этих различных существах.

Однако то, что мы наблюдаем сегодня, является очень ограниченным подмножеством этого невероятного количества возможностей. Один этот факт, по мнению Венема, противоречит гипотезе дизайна. Варианты написания генов инсулина у различных существ не очень разнообразны и не идентичны.

Кроме того, Венема считает, что конкретные образцы очень сильно связаны с общим происхождением. Ему кажется, что фактическое количество различий в написании инсулина соответствует гипотезе общего происхождения. Например, написание человеческого гена инсулина наиболее точно соответствует написанию инсулина у человекообразных обезьян, но в меньшей степени написанию инсулина у собак и волков. Венема считает, что это согласуется с гипотезой о том, что у людей был общий предок с человекообразными обезьянами — более поздний, чем с собаками и волками. Венема делает заключение:

«Этот уровень идентичности намного превышает то, что необходимо для функционального инсулина, и решительно поддерживает гипотезу о том, что люди разделяют общую родовую популяцию с человекообразными обезьянами. Действительно, сходство между этими последовательностями делает английский и западнофризский языки6 очень дальними родственниками при сравнении».7

Венема нашел убедительные доказательства общего происхождения?

На первый взгляд ответ может показаться утвердительным. Его утверждения об избыточности генетического кода взяты из учебника по естествознанию. Я сам учился по нему в университетском классе.

Однако и Венема, и эволюционисты в университетах допустили ошибку. Избыточность генетического кода верна только в ограниченном научном смысле. Для кодирования молекул, подобных белкам, генетический код функционально избыточен. Но функции генетического кода выходят за рамки простого кодирования белков.

Прежде чем рассмотреть эти функции, давайте сделаем базовое наблюдение, которое признает сам Венема. Различные варианты написания гена инсулина у различных видов соответствуют классификации этих видов. Однако система классификации Линнея был изобретена задолго до доступа к генетическим написаниям. Поэтому Линней использовал анатомию и физиологию различных видов, чтобы классифицировать их в упорядоченную иерархическую структуру. Анатомия и физиология видов являются функциональными характеристиками каждого вида — функциями, которые выходят за рамки простого регулирования уровня глюкозы. Другими словами, не зная ничего другого о генетическом написании инсулина, тот факт, что генетика соответствует функциональной системе классификации, должен немедленно предположить, что эти написания могут выполнять больше функций, чем кажется на первый взгляд.

Что касается реального объяснения написания гена инсулина, этот первый ключ находит поддержку во втором ключе. Утверждения о функциональной избыточности генетического кода это на самом деле гипотеза, которую Венема искажает как факт. Никто экспериментально не исследовал все возможные функции для каждого из вариантов написания инсулина. Технически, это делает его заявления формой лженауки. Однако для наших целей мы будем рассматривать его утверждения как проверяемое прогнозирование.

Третий ключ: я уже опубликовал научную модель, которая делает проверяемые предсказания о генетической функции.8 Эта модель предсказывает, что в конечном итоге эти варианты написания инсулина не так функционально избыточны.

На этом этапе мы могли бы остановиться и подождать результатов экспериментов, которые в конечном итоге появятся. Однако за последние пять лет был опубликован ряд удивительных результатов экспериментов.9 Эти результаты предполагают дополнительные функции для генетического кода. Например, в то время как генетическое «слово» инсулин может быть написано различными способами, процесс написания этого слова (т. е. перевода кода РНК для этого слова в последовательность белка) внутри клетки может происходить медленно или быстро. Кажется, что темп этого процесса имеет функциональные последствия внутри клетки. Другими словами, недавние экспериментальные результаты задают траекторию, которая подрывает фундаментальное утверждение Венема — и противоречит учебнику по естествознанию.

Утверждение о том, что генетический код частично функционально избыточен — и, следовательно, свидетельствует об общем происхождении — является эволюционным утверждением, которое не слишком хорошо согласуется с экспериментальными фактами.

Конечно, нужно еще много экспериментальных исследований. Но только один этот факт подрывает утверждения Венема. Он рассматривает функциональную избыточность генетического кода как научно доказанные факты — а не как предварительное объяснение проводимых экспериментов.

Почему? Почему Венема путает гипотезу с фактом? Потому что в его сознании и в сознании многих эволюционистов эволюция не является одной из многих гипотез, подлежащих проверке. Речь идет о проверке научных гипотез. Поэтому он отсеивает факты через этот вывод. Концепция функциональной избыточности соответствует эволюционному фильтру, поэтому Венема рассматривает ее как факт.

 

Автор: доктор Натаниэль Т. Жансон

Дата публикации: 29 июня 2017

Источник:answers in genesis

 

Перевод: Недоступ А.

Редактор: Недоступ А.

Ссылки:

  1. Dennis R. Venema and Scot McKnight. Adam and the Genome: Reading Scripture after Genetic Science. Grand Rapids, MI: Brazos Press, 2017.
  2. Venema, 23–24.
  3. Venema, 24.
  4. Venema, 24.
  5. T. Jeanson, “Recent, Functionally Diverse Origin for Mitochondrial Genes from ~2700 Metazoan Species,” Answers Research Journal6 (2013): 467–501, https://answersingenesis.org/genetics/mitochondrial-dna/recent-functionally-diverse-origin-for-mitochondrial-genes-from-~2700-metazoan-species/.
  6. West Frisian is a language spoken in the Netherlands. Venema discussed it earlier in his chapter.
  7. Venema, 31.
  8. T. Jeanson, “Recent, Functionally Diverse Origin for Mitochondrial Genes from ~2700 Metazoan Species.”
  9. M. Novoa et al., “A Role for tRNA Modifications in Genome Structure and Codon Usage,” Cell149, no. 1 (2012): 202–13, doi:10.1016/j.cell.2012.01.050.
  10. Zhou et al., “Non-Optimal Codon Usage Affects Expression, Structure and Function of Clock Protein FRQ,” Nature495, no. 7439 (2013): 111–115, doi:10.1038/nature11833.
  11. Xu et al., “Non-Optimal Codon Usage Is a Mechanism to Achieve Circadian Clock Conditionality,” Nature495, no. 7439 (2013): 116–20, doi:10.1038/nature11942.

A.B. Stergachis et al., “Exonic Transcription Factor Binding Directs Codon Choice and Affects Protein Evolution,” Science 342, no. 6164 (2013): 1367–72, doi:10.1126/science.1243490.

  1. Gingold et al., “A Dual Program for Translation Regulation in Cellular Proliferation and Differentiation,” Cell158, no. 6 (2014): 1281–92, doi:10.1016/j.cell.2014.08.011.
  2. Presnyak et al., “Codon Optimality Is a Major Determinant of mRNA Stability,” Cell160, no. 6 (2015): 1111–24, doi:10.1016/j.cell.2015.02.029.
  3. D. Nedialkova and S. A. Leidel, “Optimization of Codon Translation Rates via tRNA Modifications Maintains Proteome Integrity,” Cell161, no. 7 (2015): 1606–18, doi:10.1016/j.cell.2015.05.022.
  4. Bo?l et al., “Codon Influence on Protein Expression in E. coliCorrelates with mRNA Levels,” Nature529, no. 7586 (2016): 358–63, doi:10.1038/nature16509.
  5. E. Gamble et al., “Adjacent Codons Act in Concert to Modulate Translation Efficiency in Yeast,” Cell166, no. 3 (2016): 679–90, 10.1016/j.cell.2016.05.070.
  6. Radhakrishnan et al., “The DEAD-Box Protein Dhh1p Couples mRNA Decay and Translation by Monitoring Codon Optimality,” Cell167, no. 1 (2016): 122–132, doi:10.1016/j.cell.2016.08.053.

 

Написать коментарий